Como o nome sugere, o morcego-anão é um dos mais pequenos da sua espécie.
Até há pouco tempo, estas duas espécies eram confundidas taxonomicamente, sendo possível distinguir o morcego-anão através de alguns pormenores físicos: a formação dentária, a cor branca das glândulas salivares, a ausência de uma sutura entre as fossas nasais e uma forte capacidade vocalizadora de ecolocalização, que se sobrepõe tanto à do morcego-pigmeu como à do morcego-de-peluche. Até hoje, as diferenças de vocalização são o método mais preciso para distinguir espécies.
Apresenta cores castanhas e negras, tem boa visão e ao contrário dos outros morcegos da mesma família, a célula da membrana alar conectora do quinto dedo ao cotovelo não apresenta nenhuma nervura.
Tem também um talento inato para utilizar ecos de ultrassons como sistema de localização, chegando a captar frequências elevadíssimas de 20 000 Hz.
O Pipistrellus pipistrellus é fissurícola, o que, como o nome sugere, prefere predominantemente habitar fissuras — instalando-se em placas de revestimento, telhas de edifícios ou mesmo em pontes, minas, grutas e até fendas nas cascas das árvores.
Durante o período de hibernação, estes espaços transformam-se em abrigos, mais predominantemente conhecidos por colónias – nome dado a vastos grupos de morcegos.
Encaixa-se, tal como o morcego-pigmeu e o morcego-de-kuhl, nos hábitos alimentares de insetívoro: toma partido da iluminação urbana, que atrai um banquete variado de insetos, melgas, mosquitos e borboletas. Chega a ingerir até três mil insetos por noite, desempenhando o referido controlo de pragas.
Além destas zonas urbanas, caça em áreas agrícolas, florestas coníferas, bosques e zonas à margem de rios e ribeiras.