Parque Natural de Montesinho
Na fronteira com Espanha, no Alto Nordeste transmontano, este parque situa-se nos concelhos de Bragança e Vinhais, ocupando mais de 74 mil hectares e as serras de Montesinha e Coroa. Carvalhais em que domina o carvalho-negral (Quercus pyrenaica), soutos e sardoais, bosques ripícolas, giestais, urzais, estevais ocorrem neste parque natural. Pela diversidade de habitats que ocorrem em montanha, por ali ocorrem 110 espécies de aves nidificantes, tais como a águia-real (Aquila chrysaetus).
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Parque Natural da Ria Formosa
No sotavento algarvio, estendendo-se pelos concelhos de Faro, Loulé, Olhão, Tavira e Vila Real de Santo António, o Parque Natural da Ria Formosa ocupa 18 mil hectares de área lagunar. As dunas, o sapal e a mata são os três habitats existentes no parque, e em cada um deles ocorre vegetação e fauna diferente. Da flora destaca-se o tomilho-das-praias (Thymus carnosus), uma psamófita (ou seja, que ocorre em lugares secos e arenosos) endémica portuguesa, encontrada no Alentejo e Algarve. Neste parque podem ser observadas várias espécies de aves aquáticas migratórias, vindas do norte da Europa, como o pato-real (Anas platyrhynchos) e a piadeira (Anas penelope), mas também a colónia de garça-branca-pequena (Egretta garzetta). A própria Ria abriga muitas espécies de peixe, moluscos e crustáceos, contando-se na sua ictiofauna (isto é, o conjunto das espécies de peixes) do parque 65 espécies identificadas. Outras espécies a destacar: o camaleão (Chamaeleo chamaeleon), ameaçado de extinção e espécie que ocorre apenas no litoral do Sotavento algarvio. O caimão ou galinha-sultana (Porphyrio porphyrio) é uma espécie cuja presença em Portugal ocorre apenas na Ria Formosa. É por isto que a espécie ameaçada foi escolhida para símbolo deste parque.
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Parque Natural da Serra da Estrela
Ocupando grande parte do maciço da Estrela e os concelhos de Celorico da Beira, Covilhã, Gouveia, Guarda, Manteigas e Seia, este parque natural estende-se por 89 mil hectares. Na sua extensão encontram-se lagoas, pastagens de altitude, turfeiras, carvalhais, castinçais e azinhais. Aqui observam-se endemismos da serra da Estrela, como Festuca henriquesii, Leontodon pyrenaicus subsp. herminicus e Ranunculus abnormis e outras, raras, como Alchemilla transiens e Gentiana lutea. A fauna, esta é diferente consoante o meio em que ocorre: rural (como a águia-de-asa-redonda, a toupeira ou a lebre), florestal (como a geneta, a coruja-do-mato ou a cobra-de-ferradura), arbustivo (como o texugo, a carriça ou o sapo-parteiro), subalpino (como a lagartixa-a-montanha, a gralha-de-bico-vermelho ou o bufo-real) e cursos de água (como o melro-de-água, a toupeira-de-água ou o guarda-rios).
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Parque Natural da Serra de S. Mamede
Em território dos concelhos de Arronches, Castelo de Vide, Marvão e Portalegre, o Parque Natural da Serra de S. Mamede ocupa mais de 56 mil hectares. Tem como símbolo a águia-de-bonelli, uma rapina que nidifica nas escarpas da serra. Nele se encontram carvalhais, castiçais, sobrais e azinhais, giestais, estevais, demonstrando a influência atlântica e mediterrânica da zona. Foram aqui identificadas 800 espécies florísticas. Os habitats distintos que criados a norte e oeste e a sul e leste são propícios à existência de aves (150 espécies identificadas pelo Atlas das Aves do Parque Natural), como o grifo (Gyps fulvus) e o abutre-preto (Aegypius monachus) e colónias de morcegos, mas também anfíbios e répteis (como o lagarto-de-água (Lacerta shreiberi), o sapo-parteiro-ibérico (Alytes cisternasii), distribuídos por matos esclerófilos (adaptados ao clima seco), formações herbáceas naturais e seminaturais, habitats rochosos e grutas e florestas, com destaque para o carvalho-negral (Quercus pyrenaica).
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Parque Natural das Serras de Aire e Candeeiros
O Parque Natural das Serras de Aire e Candeeiros, situado nos concelhos de Alcobaça, Porto de Mós, Alcanena, Santarém, Torres Novas e Ourém, abrange mais de 38 mil hectares, assente sobre as serras calcárias do centro do país. O símbolo do parque é o morcego, espécie cavernícola que tem nesta Área Protegida 18 espécies identificadas. No parque ocorrem vários habitats, incluindo alguns habitats prioritários, como 3170 – Charcos temporários mediterrânicos, 5230 – Matagais arborescentes de Laurus nobilis ou 6110 – Prados rupícolas calcários ou basófilos da Alysso-Sedion albi.
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